Die Orgel in der St. Marienkirche stammt von Friedrich Ladegast aus dem Jahre 1864. Mit der dreiamanualigen Orgel schuf er das Referenzinstrument am Ort seiner Werkstatt. An diesem Instrument zeigte Ladegast seine Orgelbaukunst.
Wie viele andere Orgeln, wurde das Instrument mehrfach umgebaut und veränderte sich nach und nach in seinem Klang. 2016 wurde ein Symposium abgehalten um der Bedeutung der Orgel gerecht zu werden und den Umfang einer Restaurierung festzulegen. Eingeladen waren Orgelfirmen, Orgelsachverständige, Organisten, Musikwissenschaftler. Schnell wurde klar, dass die Orgel in Ladegasts Schaffen eine besondere Stellung einnahm. Man war sich einig- diese Orgel sollte unbedingt in den Originalzustand von 1864 zurückversetzen werden. Die Bautzener Orgelbaufirma Eule wurde beauftragt und restaurierte die Orgel von 2018 bis 2021.
Mit viel Mühe, dem Willen die Orgel so authentisch als möglich zu restaurieren gelang es der Orgelbaufirma Eule, dass die Orgel heute wieder so klingt, wie Friedrich Ladegast sie gebaut hat.
Vom 5. bis 12. September 2021 gab es ein Festival zur Wiedereinweihung der Ladegast-Orgel von 1864. Schirmherr war der Gewandhaus- und Merseburger Domorganist Michael Schönheit. Weltweit renommierte Organisten konzertierten auf der Orgel. Der französische Titularorganist Henri Omieres aus Carcassonne, der junge Lukas Hassler aus Österreich und Domorganist Prof. Ruben Sturm aus Rottenburg gaben sich die Ehre. Zur Eröffnung und das Abschlusskonzert spielte Michael Schönheit. Bei dem Festival wurden bewusst auch neue Wege gegangen. Zum Beispiel bei der Stummfilmvertonung des „Golem“ von 1915 mit einer Improvisation für Orgel (Samuel Dobernecker) und Synhethizer (Joel Jaffe).
Es soll künftig jährlich in der ersten Septemberwoche ein Festival der besonderen Art geben, in dem die besondere Klangvielfalt des Instrumentes im Mittelpunkt stehen und interdisziplinarisch mit anderen Künsten agiert werden soll. Das nun schon zweite Ladegast- Orgelfestival findet vom 3. bis zum 10. September 2023 statt.
Die Orgel ist von Ostern bis November jeden Dienstag um 12 Uhr zur „Orgelmusik zur Marktzeit“ zu hören.